Kasnim malo, sorry.
Ovako, idi prvo u bios i proveri kako je postavljen boot redosled tih sata diskova.
Potraži "boot device priority" ili kako se već zove taj meni u biosu tvoje ploče (btw, koja je tačno ploča u pitanju?)
i podesi da
stari disk bude Master (tj. 1st choice prilikom boot-a, ne računajući cd ili floppy) a ovaj kasnije dodati hdd Slave, deluje mi kao da je sada upravo obrnuta situacija.
Ako si greškom taj drugi disk postavio kao master, to je možda i izazvalo celu ovu zbrku.
Ostao si "dužan" za informaciju oko primary, extended, logical particija.
Na ovoj slici se vidi sledeća situacija: (tamno plavom su označene Primary, a svetlo plavom logical particije.)
My Computer -> Manage -> Disk Management.

Kako to izgleda sada kod tebe ? Opiši, ili još bolje postavi sliku.
Da se sve ispravi samo od sebe, "ubacivanjem-izbacivanjem diskova", neće sigurno, ali ako se budeš rešio na reinstalaciju, i ako pravilno podesiš boot priority u biosu, nakon reinstalacije će se najverovatnije desiti sledeća stvar (sve pod pretpostavkom da se na novom disku nalazi jedna primary particija, i dve logical u okviru extended particije, a na starom jedna primary (active) i jedna extended/logical.)
a: floppy
c: prva particija starog diska (XP) - primary/active
d: prva particija novog diska - primary
e: druga particija starog diska - logical
f: druga particija novog diska - logical
g: treca particija novog diska - logical
h: dvd drive