Najvažniji savet koji mogu da ti dam je da pređeš barem na Delphi 7. To će sigurno rešiti neke od tvojih problema. Prelazak na Delphi 2010 je svakako još bolje rešenje, ali ćeš za to morati prvo da proveriš dali komponente koje aktivno koristiš postoje za njega. Druga vrlo bitna stvar vezana za Delphi 2010 je ugrađena Unicode podrška, pa ćeš gotovo sigurno morati da prerađuješ bar jedan deo svok programa da bi ga prilagodio tome. Prednost je to što ćeš verovatno da se oslobodiš komponenti koje si možda koristio samo zbog Unicode podrške (TNT komponente na primer).
Što se tiče komponenti, pravilo je da imaš instalirane samo one koje koristiš. Zatim, vrlo bitna stvar je da proveriš dali imaš instalirane dodatke za sam Delphi (GExperts na primer). U velikom broju slučajeva takvi dodaci mogu da prave dosta problema. Tvoje komponente takođe mogu da budu uzrok ovakvih problema ako nisu napisane po nekim minimalnim pravilima.
Minimalno što možeš da uradiš je da aplikaciju pustiš kroz debuger i pratiš njen rad. Sigurno će ti se pokazati po koja greška, pa ćeš moći da vidiš gde, odnosno u kom trenutku se pojavljuje. To će ti bar dati neke smernice da dalje kopaš.
Deljenje velike aplikacije na module je standardna praksa, ali to iziskuje određeno planiranje i pripremu. Postoje bar dva scenarija za ovaj slučaj. Prvo, statičko povezivanje DLL-ova koje je vrlo jednostavno, i drugo, dinamičko povezivanje, koje zahteva malo veći trud i poznavanje rada sa DLL-ovima. Alternativa, ili treći scenario, je da umesto DLL-ova koristiš BPL-ove (Delphi verzija DLL-ova koji imaju neke značajne olakšavajuće osobine).
Činjenica da ti je projekat veoma veliki i da ga radiš u Delphi 6 sama po sebi je dovoljna da ti se dešavaju problemi koje imaš. Ako imaš drugi računar na koji možeš da instaliraš čist sistem (Windows XP SP3 ili Windows 7) i bar Delphi 7, onda napravi test tako što ćeš da tamo prebaciš projekat i onda dodaješ komponente koje ti samo tvoj projekat traži (nemoj dodavati ništa više od onoga što ti je neophodno da bi uspešno kompajlirao projekat). Ako se nakon ovoga tvoji problemi nastave, onda definitivno imaš bagove u svom projektu ili u nekoj od komponenti koje koristiš. Kao što Rajko reče, gotovo uvek je uzrok ovakvih problema Design Time Package koji je instaliran u sam Delphi (najčešće paket nekih komponenti ili neki dodatak za sam Delphi).
Nadam se da će ti ovo pomoći da rešiš problem

"There is a theory which states that if ever anybody discovers exactly what the
Universe is for and why it is here, it will instantly disappear and be replaced by
something even more bizarre and inexplicable. There is another theory which states
that this has already happened."
-- Douglas Adams