koji te hex zanima? bootloader koji ce od obicne atmege da napravi arduino ili te zanima da program koji napises u arduino ide-u dobijes kao hex?
za bootloader, nalazi se u hardware/arduino/bootloaders/atmega/* u Makefile tu imas fuse bitove za svaki od tih hex-ova (makefile uz pomoc avrdude moze da ti napece direktno bilo koji bootloader)
za hex koji ti generise sam arduino ide, nisam siguran da taj hex uopste moze da radi samostalno (trebalo bi da moze nisam 100% siguran) ali u svakom slucaju fuse bitovi treba da budu identicni kao za bootloader za taj atmel (ti sa klasicnim arduinom nikad ne menjas fuse bitove, fuse bitovi su napeceni onda kada i bootloader i nikad vise)
inace ako te zanima "gde da pokupis hex" kada ga arduino iskompajlira, ispise ti u logu dole gde je hex kada ga iskompajira, uglavnom ti za svaki projekat napravi tempdir() i u njega stavi sve (obj, bin, lst... hex)