Registri baza je raspoređena u više fizičkih fajlova na disku, koji vremenom postaju fragmentirani, kao i svaki drugi fajl. Defragmentacija podrazumeva isti postupak kao i za bilo koji fajl (grupu fajlova).
Čišćenje i sabijanje (compact) baze podrazumeva brisanje ključeva koji više nisu aktivni ("repovi" od deinstaliranih programa) i eventualne ispravke pogrešnih referenci u ključevima baze (pogrešno upisane putanje prečica i tome slično).
Ove operaciji treba izvoditi uz obavezne mere predostrožnosti (kompletan backup registri baze / system restore point), pošto neki od utility programa umeju da naprave priličnu štetu svojim "čišćenjem"...
Dobitak u performansama kompletnog sistema se kreće u opsegu: od zanemarljiv do jedva primetan (osim u slučaju totalno zapuštenog sistema).