Za mene postoje dve prihvatljive opcije. Prva je using namespace na početku fajla, a druga je eksplicitno stavljanje prefiksa kod svake upotrebe (std::bilo_šta). U velikim projektima savetuje se ovo drugo, jer zaista nije neki problem malo više slova, a dobija se na čitljivosti. Evo pitanja na StackOverflow:
http://stackoverflow.com/q/1452721/395718
Opcije koje meni nisu prihvatljive su using namespace u heder fajlu (jer to je zaista loša upotreba), i using namespace u svakoj funkciji ponaosob (jer je cimanje, iako je preporučljivije od using namespace na početku fajla).
Pored using deklaracije (using namespace std) postoji i using direktiva (using std::bilo_šta), gde čovek ima bolju kontrolu nad time šta zaista koristi, ali i to mi je cimanje u istoj ravni sa using deklaracijom u svakoj funkciji.